Школа№13 начала функционировать в 1979 году как средняя общеобразовательная школа. 1991-1997 гг. – школа-комплекс №13. 3 июля 1991 года, решением бывшего исполкома Кокчетавского горсовета народных депутатов за
№1321 «Об открытии в городе учебных заведений нового типа» школа была переведена в экспериментальный режим работы по модели «Школа- комплекс». В состав комплекса входили два дошкольных учреждения, медучилище, педагогический институт, филиалы спортивной, художественной и музыкальной школ, на базе школы работал дом детского творчества. Научными руководителями эксперимента стали ученые педагогического института им. Ш.Уалиханова, кандидат наук Кривошеев В.П. и Крамаренко Б.В.
В 1991 году на базе школы была организована первая в городе Кокшетау школа со смешанным языком обучения, набран первый класс с казахским языком обучения. 1998- 2014 гг. – Экологическая школа - гимназия №13 «ЭКОС». 19 августа 1998 года школа стала работать в режиме ЭШГ №13 «ЭКОС». Открыты для одаренных детей
прогимназические и гимназические классы с повышенным уровнем обучения (информатика, логика, два иностранных языка, хореография, введено углубленное изучение предметов по выбору).
В 2000 году школа была переведена на русский язык обучения. Все классы с казахским языком обучения были переведены в СШ№18. С 2011 года школа вновь открыла первый гимназический класс с казахским
языком обучения. С 01.09.2014 года школа работает со смешанным языком обучения (казахский и русский языки), работает в две смены.